《洞洞杂货店》是一部充满治愈气息的奇幻漫画，讲述在一条即将拆迁的老街上，有一家专门收购并转卖“旧时光”的店铺。店主姜夜是一位能看见物品中“记忆余晖”的青年。他通过出售这些承载着温暖记忆的旧物，让失意的人们找回前进的力量。而他自己，却遗失了关于童年的全部记忆。直到某天，一个自称是他“记忆”的小女孩出现在店门口，她必须在店铺关门之前，帮姜夜找回他丢失的最重要的那段时光。
小女孩用尽最后的力量，将姜夜童年与父母走失、被老街坊们收养的温暖记忆还给了他。姜夜泪流满面，老街虽拆，但他决定带着这份沉甸甸的记忆，开一家“永不关门”的杂货店。
一位叛逆青年卖掉爷爷留下的老怀表。姜夜从中看到了爷爷每日在车站等孙子放学的背影。他拒绝收购，并让青年看看怀表里刻的名字——正是青年自己。青年羞愧地带着表离开了。
一位走失多年的老人拿着生锈的哨子来寻“记忆”，姜夜吹响哨子，哨声中回响起他年轻时与战友的冲锋号。一位同样退伍的老兵循声而来，两人竟是失联四十年的战友，当场相认。
一位离异女士带来一本日记，想忘掉过去。姜夜却让她翻看其中一页，上面写着“今天他为了我笨拙地学做饭”。女士回忆起了婚姻中仅存的美好，决定与前任心平气和地告别。
一位自卑的转学生卖掉褪色发带，说它不再漂亮。姜夜将发带在灯光下轻拂，发带上浮现出她与已故发小嬉笑的画面。她重新系上发带，决定带着朋友的祝福，勇敢面对新环境。
一个失意的上班族卖掉了母亲留下的木梳。姜夜将梳子放入水中，倒影里出现了母亲为他梳头的样子。他将梳子还给对方，并说：“有些东西，比钱重要。”